澳门博物馆隶属澳门市文化体育和广播影视局。2007年经市政府批准成立澳门市文物管理局，与博物馆两块牌子、一套人马。全馆分设办公室、文物考古和安全监察部、宣传教育部、安全保卫部、后勤部、藏品保管部、玉门关管理所和阳关文物管理所。

    澳门博物馆现有在编职工27名，另招聘保洁、看管及安保人员38名，干部职工总共65名。